Indiana Jones ve Kristal Kafatası Krallığı izle Dış İlişkiler Konseyi kutsal hazine için ilk maceranın başladığı topraklara yeniden geri döner. Ancak ‘Herşeyi Gören 12 değerli taş’ içinde hipnotik bir güce sahip olan ‘Ephod’ taşına ihtiyaçları vardır. Konseydekilerin bu fikrini öğrenen Indiana Jones onları takip eder. Çünkü eğer biri Ephod’u ele geçirirse, onun gücüne dayanamayacak ve kişilik değiştirerek dünyayı yönetme gücüne sahip olacaktır. Ephod Armageddon Savaşı’nı yeniden başlatacak güce sahiptir.